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今日は今年最後の実験

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いま実験中です。野外で、水路2基を設置し、ノコギリモクの群落スケールでの光合成速度を測定しています。

いつも、水温は15℃前後ですが、さすがに今日は13℃です。YSIのproODOをつかっていて、この機種は大変丈夫です。海水・雪がかかっても問題ない。

I'm still running experiments. At the outdoor facility, I have setup 2 flow-chambers to measure the primary production of simulated stands of Sargassum macrocarpum. Usually, the water temperature is about 15℃, however today it dropped to 13℃. The proODO are really nice for these experiments since they can handle all the seawater and snow that gets on them.



ソテツと雪

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ソテツ(Cycas revoluta)は亜熱帯の植物で、氷点下10℃でも、対応できるそうです。ソテツは沖縄のイメージがつよいので、雪の積もったソテツってかなりの違和感があります。

センター玄関前のソテツです。

The Cycas revoluta can be found throughout Southern Japan, and can withstand temperatures as low as -10℃. However, I tend to associate this cycad with Okinawa, so it is really strange to see snow piled up on the fronds. The photo is of the cycads in front of ECSER.

ゲルフを思い出します。

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4年前、カナダのゲルフ大学でPDをしていました。もちろん冬は必ず雪が降りました。今日の天気は懐かしいですね。
Reminds me of Guelph.


長崎は寒いです。

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鹿児島とくらべて、ここは北国だ。寒い寒い寒い!
午前10:00の気温は0℃。

Jeez, this place is colder than Kagoshima. 10am and its 0℃.

積もった

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餅つき・仕事納め

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毎年、仕事納めをかねて、センターで餅つきをしています。今年も天気がわるくて、風や雨との戦いでした。今年はカキ焼きなしでしたが、キジハタのお吸い物がでました。やっぱり、カキ焼きしないとね。

Every year, we make mochi to celebrate the end of the year. This year (as was last year), we had to battle the wind and the rain. This year we didn't grill any oysters, but had some Red-spotted grouper (Epinephelus akaara) soup.


天気が悪くても実験!

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ノコギリモク群落の一次生産を測っています。Published with Blogger-droid v1.6.5

沿岸海域の持続的な資源管理に関する国際シンポジウムを開催する。

2011年1月19日~21日に沿岸海域の持続的な資源管理に関する国際シンポジウムを開催します。

これは、U澤先生と一緒に開くシンポです。ところが、僕は全くやくにたたず、表の90%の仕事はU澤先生がしていて、裏の90%はセンターのMegがしている。僕はまったくやくにたたない。むしろ、仕事を増やしているだけだ。

いつもお世話をかけてすみません。

Anyway, シンポは二つのセッションに分かれている。
Session 1: Nutrient dynamics and their effects on coastal ecosystems
Session 2: Dynamics of biological resources in the coastal and nearshore regions

シンポのリンクを参考に。

From Jan 19 to 21, 2011, we will be having an International Symposium addressing the sustainability and productivity of coastal resources. Prof. U is taking care of about 90% of the work up front and Meg is doing all the housekeeping. I just add to the confusion and provide more work. Sorry guys. Anyways, There are two session as outlined above. Follow the link for more info.

Happy Holidays

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小学生らがデザインした研究がBiology Lettersにでました。

小学生だって研究できる。

UKの小学校では、8~10才の生徒たちが、どうやら、ミツバチは色と空間関係によって、どの花の色からミツを集めるのか分かったらしい。

論文の図表はクレヨンで作って書いたもので、とてもわかりやすい。さらに、子供たちのしゃべり言葉をそのまま文書になっているので、論文は一回よむだけで理解できる。とくに、Material and Methodsのsection (e)のタイトルがお気に入りです。 Training phase 2 ('the puzzle') ... duh duh duuuuhhhだって。


Blackawton PS, et al. 2010. Blackawton bees. Biology Letters. doi:10.1098/rsbl.2010.1056

OpenBUGS, ベイズ法講習会

先週木曜日にベイズ法講習会に参加してきた。これは、となりの水研のO島さんが開いてくれた勉強会。遠洋水軒のK田さんも着てくれて、一日かけて、ベイズ法とWinBUGS (OpenBUGS)の使い方について話してくれました。僕は夏頃からベイズ法の勉強をしていて、独自で学んだことが正しいだと確認ができて、安心した。僕にとって、統計学は趣味でもあり、大変大事なスキルだと思っていて、このような講習会は大変楽しかった。もっとK田さんといろんな話をしたかったが、時間がなくて残念だ。

Linuxではベース法を使うには簡単です。

まずOpenBUGSのインストールから始めます。これだけで、ベイズ法による統計解析は可能ですが、Rと一緒につかった法が色々便利です。
R環境には、R2OpenBUGSというパッケージがあります。これをR内にインストールしましょう。あとは、R2WinBUGSとおなじように使えば結構です。

次回はLinuxでのRコードの例です。

あきれた

まだ富岡港にいる。18時のフェリーにのるが、15時のフェリーにのれたらしい。

料金所のおじちゃんがわざわざ教えてくれてが、全く嬉しくないよ。携帯電話番号知っているのに、なぜ電話しないんだ?!

もっと早く帰れたのに。Published with Blogger-droid v1.6.5

苓北町牛深海岸

気象庁により、風向きは南西から、南へ。風速3~5m/s。気温は14~17℃。午後12:30より、水温は17.1℃。塩分濃度が29.9PSU。

トゲモクとノコギリモクを一袋づつ取れた。やっぱりここの一次生産は高いな。学生もいたら、もっと沢山のデータともっと面白い仮説を追及出来るのにな~。Published with Blogger-droid v1.6.5

今日は苓北町へいきます

久しぶりの更新、久しぶりのサンプリング。今日は先月いった苓北町へいきます。卒業生のA井くんと行く予定だったが、彼の都合が悪くなって、人で行くことになった。トゲモクを採集するだけなので、大きな問題ではない。
天気はいいけど、寒いです。今はフェリー待ちです。
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長崎大学大学院水産・環境科学総合研究科 海洋フィールド専攻

平成23年度から長崎大学生産科学研究科が改組され、新たに水産・環境科学総合研究科が設置されます。一つの目玉としては、博士課程の5年一貫制のシステムの立ち上げです。従来の前期・後期博士課程の制度と平行に実地します。

関連リンクはこちらです:http://www-mri.fish.nagasaki-u.ac.jp/5yeardccourse/index-ja.html

太陽光で石をとくす。

太陽光で鉄や石をたかす。焦点は3500℃だそうです。リンク先はYouTubeです。

π

今日気づいたこと。


π=4 atan(1)

長崎丸

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苓北町沿岸域の調査・藻場採取

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昼御飯の店

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苓北町沿岸域:藻場の予備調査終了

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今日は曇っていたが、波がなく非常に潜りやすい海だった。T田先生、KほりくんとSきくんとは港で集合。ここの有名なチャンポンのみ店で昼御飯を食べた。長崎のより鶏ガラスープが濃く、めんがふとかった。

話が前後しているね。Published with Blogger-droid v1.6.5

富岡港についた

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苓北町が見えてきた

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ここの天気は悪い。Published with Blogger-droid v1.6.5

茂木港

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フェエーきずな

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そろそろフェリー乗船。Published with Blogger-droid v1.6.5

長崎市長浦町メソコゾム実験地

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朝の06:00からM岡研の院生といっしょにメソコゾム内の拡散速度の測定をしている。メソコゾムにトレーサーを注入して、蛍光データロガーにトレーサーの濃度を記録。

写真は朝日を背景にしたメソコゾムのようすです。
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子子川

今日はH川とK田くんを子子川につれていきました。午前10時にセンターから出発。彼らは葉上生物の採集。僕は藻場の確認。たった30分の作業で、手が痛くなるほどの冷たい海水だった。次回は水温計で確認しよう。 Published with Blogger-droid v1.6.5

RからADMBへ

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最近、世の中は「stochastic」だよ思うひとが増えているらしい。僕もそう思う。かならず、なんだかなランダムなプロセスがある。いままでRをつかって、モデルの開発などをしていたが、限界を感じている。まず、あまりベース法に向いていないことと、複雑なstochasticモデルを簡単に作れないことがRの欠点だ。

それで、ADMBというものを使い始めている。これはC++と言う言語をもとにした開発環境。久しぶりにC言語をつかったな。

二日かけて、やっとモデルの収束に成功したので、ここで一部の結果を発表。赤線がフィットしたモデル。解析ようの黒線はシミュレーションデータ。
モデルは常微分法定式です: f(x1,x2,x3,y) = theta(1) * tanh(theta(2)/theta(1) * x1) - theta(3) * C1^(x2 - C2) + theta(4) * (C3 - y)
C1とC2とC3は定数。theta(1,2,3,4)は求めたいパラメーター。xとyは関数です。ちなみに、Runge-Kutta法で計算しました。



theta(1,2,3,4) = {3.8, 0.0006, 0.25, 0.0025}と計算され、シミュレーションモデルに使ったのは{4.3, 0.0005, 0.27, 0.0025}だったので、悪くはない。次はベーズ法をつかって、パラメーターなどの信頼度の計算をプログラムにくめばエラーもモデルに反映でるはずだ。

餃子に挑戦

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今日は手作り餃子。生地作りに挑戦大好物のホワイト餃子に近い歯ごたえ。YUM!Published with Blogger-droid v1.6.5

Xperia X10のOSをアップグレードしました。

夏からSONYのスマートフォーン、XPERIA X10 (SO-1B)をつかっています。初期のOSはAndriod 1.6(Donut)だったが、やっとOSの更新が発表された(11月10日)。ところが、もっとも新しいOSはAndroid 2.2(Froyo)にも関わらず、SonyEricssonはなぜかAndroid 2.1(Eclair)にの更新にした。Why?さらに、WindowsOSのない方は更新できない。AndroidはLinuxをベースにしたOSなのに、なぜLinux/OSXからの更新ができないのかが不思議。

アップグレード内容はこちら:XperiaTM SO-01Bバージョンアップ詳細(2010年11月10日)

ストレスがたまっているかも

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甘いものがほしい。

ダメだった

Biology letters から連絡がきた。Lots of competition for space だって。書き直して、次の雑誌へ。Published with Blogger-droid v1.6.5

熱気球が戻ってきた

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今日は佐賀のバルーンフェスタへ

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また投稿しました。

論文を書き終わった。たった、12ページなのに、そうとう力をつくした。最近ヒットしか打っていないので、今回はツーベースぐらいのヒットをねらっている。

エディターでダメなら今週中に結果がでる。エディターを通れば、30日いないに。

ちなみに、今年出た論文は全部Phycological Researchでした。なぜならば、英文誌の要旨の翻訳が和文誌「藻類」にでるからです。しょうもないことかもしらないが、より多くの人が読めたらと思っただけさ。

今日は沖縄高専

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台風のおかげで、沖縄高専に行くチャンスを得た。ここには、共同研究のI村先生の研究室がある。工学と生物の教育を重視した様々機材などはがそろっている、とても素晴らしい教育研究環境だった。

裏には米軍の射撃場があり、機関銃の発砲が聞こえたのがも印象に残った。

I村先生、お世話になりました。

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明日帰られるかな?

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2時間半をかけて荷物のせいり。僕は3個W先生は9個!多すぎる。

今夜からは暴雨風域に入る予定です。久しぶりの台風直撃だ。明日帰られるかどうかが気になるな。Published with Blogger-droid v1.6.3

こんやはタコライス

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9時まで頑張った。Published with Blogger-droid v1.6.3

細菌のカルチャーも。

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W田先生は細菌を採集し、培養。
二日分の作業を今日中に終わらせます!
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IMAGING PAMも。

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PAMは光合成だけ確認出来るので、これでphotosynthetic symbiont の確認をします。
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Lights on!

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結構まぶしいです。Published with Blogger-droid v1.6.3

酸素動態の測定系

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光源は21WのLEDランプ2個、これで1500mu-mol photon ok !微細光学式酸素センサーと普通の光学式酸素センサーを設置し酸素の動態を記録。

健全と病気のサンゴの違いを調べます。Published with Blogger-droid v1.6.3

珊瑚の採集

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つぎは研究協力者が枝サンゴをサンプリング。
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科研費申請シーズンです

前年この時期に研究費の公募が出ています。日本で一番メイジャーなのは学術振興会の[科研費]です。あたるまでは一人前の研究者じゃないとも言えるぐらい大丈夫なファンドです。今年こそ当たらないと将来はアンクリアーですね。
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先週の鹿児島での打ち合わせ

鹿大のT田先生との打ち合わせはとてもinformative でした。来月からようやく調査が始まります。2年以上もかかったけどやっとフィールドで実験する技術を開発した。あとはフィールドで実践して、方法を調整するだけだ。Published with Blogger-droid v1.6.3

今日からは沖縄県名護市へ

今日から金曜日は名護市にいきます。W田先生との共同研究のため、PAMや光学式酸素センサー、光量子計まで持っていきます。5日間でどれぐらいのデータがとれるのかが楽しみです。

ところが、行く前に琉大のK原先生との連絡をとるのを忘れてしまい、申し訳ない気持ちでもありますって。Published with Blogger-droid v1.6.3

鹿児島にいきます

また鹿児島にいきます。今回は来月からはじまる調査の打ち合わせをするためです。と言うことで、明日帰る予定です。

それにしても、なかなか実験をする時間がつくれない。今週は科研費の応募書類の提出が求められているし、論文も書かないといけないし。琉大のKはらさんとも実験の話もしないといけないし。

最も限られた資源は時間ではないのか?
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水産科学フェアがっ始まりました。

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今年はH川くんといっしょに
回流水槽に藻場を再現しました。Published with Blogger-droid v1.6.3

2010 水産科学フェアー:10月17日

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あそびにきてね!

論文の撤回について:論文=CM?

僕はテレビなどのCMはすべて嘘だと信じています。自分の商品をかってくれれば、企業ってなんでもかんでもいうからね。

いきなりですが、多くの大学では、教員・研究者の評価には論文の数をつかっている。あればあるほど評価がたかい。このようなことから、捏造・盗用・偽造などが増加しているらしい。

たとえば、2010年10月6日のThe New York Timesに記載された記事によると、とある学術雑誌の論文の1/3に盗用された文書が書き込まれていると報告された。また、化学雑誌の専門誌には、一年の内の30本以上の論文を撤回した。もちろん、生物学にも論文の撤回がある。

こんなことすると、だれの論文を信用できるのかが分からないじゃないか!

僕は、論文数をかなり重視する大学の論文を慎重にみている。じゃ、学生はどうしたらいいのか?大半の論文ゼミでは輪読や単なる紹介などが主流です。もう、レビューアーなみの読み方を教えたほうがいいかも。

盗用・捏造・偽造をやまめましょう。

英文ですが、参考になるリンクはこちらです:


Betraying Confucius: Academic fraud in China
Ten retractions and counting: Mayo vivisector falsified data
Retraction Watch

長崎に戻る前に

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明後日から大学や研究で忙しくなります。後期とフィールドシーズンの始まりのでね。

ということで、阿蘇で休憩。

オレンジビールというペンションに一晩宿泊。
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つぎは自家用車のタイヤが

昨日から個人的な理由で、鹿児島にいる。ところが鹿児島につく前に、高速でハペニング!人吉市に行く前に何本のトンネルがあるが、最初のトンネルに入る前に左側の後輪がパンクした。トンネル内で、タイヤを変えることになり、NEXCOのパトロールまでやってきた。結局、人吉市ICでいったん高速から降りて、ガススタンドで両後輪をかえてもらった。さらにブレーキランプも消えていて、ランプの交換も。スタンドのニーサンは非常に人柄のいいかたで、ランプの交換をまけてくれた。

1時間の余裕をもってよかった。会議の5分前までに会場についた。
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Skippyが来ました。

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Kべ先生の取材のため、やってきた。全国から地方まで、話題になるヒラメ博士だ。
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論文がでました

波浪環境と藻類の多様性の論文がでました。
New manuscript is up, examining the effects of wave exposure on species richness.

Species richness of marine macrophytes is correlated to a wave exposure gradient. Gregory N. Nishihara & Ryuta Terada. (2010) Phycological Research 58: 280-292.

学会の最終日

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金曜日に藻類の発表が集中していた。鹿大のT屋くんもこの日の午後発表した。発表中の写真を頼まれていたが、あまりにも面白い話だったので、シャッターチャンスを逃しました。センターの留学生Iさんの発表も聞きました。やや緊張していたが、いい発表ができたと思う。写真はS野先生らといっしょに食事した店です。二次会のギネスがうまかった。

京都大学百周年時計台記念館

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今夜はここで、交歓会。寒いです。

京都、水産学会

今日からは京都。秋の水産学会に参加するためです。天気はよかったので駅から大学まで歩いて見ました。80分ぐらいかかった。
久しぶり運動したが、調子が、よかったので帰りも歩いてみる。

またやっちゃた。

男女群島にいけたのがとてもよかった。ついたら、まず先にふねから下ろしてもらい、早速素潜り開始。まず、多様な魚が泳いでいて、びっくり。藻類もたくさん生えていた。現場になれたら、調子にのって深く潜りはじめた。あちらこちら、キャノンのPowerShotD10で写真をとり始めた。ところが、そのうちカメラが水没しちゃいました。D10は水深10mまでOKだったので、おそらく10mより深く潜ったかも。やれやれ。

男女群島

台風の影響がへったので、出港が出きるようになった。今日から明日は男女群島。

話題にするしかない。

高校のごろ、数学や科学よりも、文学と歴史に興味があった。藻類や流体力学のことを全く思ったこともない時期だった。ということで、日本の政治に結構興味をもっている。(実は、いま論文を書く気合がいまいち入らない。)

最近、DPJがうるさいね。党代表選挙。やり方があまりにも賢いと思う。分裂するほど、バトルしているようだが、実はそうではないんじゃないかな。メディアはこのようなバトルを喜んで報道しているじゃないか。そのおかげで、毎日のようにあの二人が出場し、毎日DPJの政策を聞かされる。まるで、洗脳されているような気分。おかげで、他の党は話題にならない。メディアにとって、もうDPJ意外の党はどうでもいいではないかな。

このバトルによる報道のおかげで、だれでもDPJの考えを知ることが出来、かれらの政策が話題の中心となり、日本を引っ張っていくんではないかと思うな。

CO2 固定:捕鯨の影響

かつて、捕鯨が盛んにされ、貴重な蛋白源であった。僕も、大学院生のごろ鹿大で鯨の刺身などを試食したが、好きとはいえないが嫌いでもない。ちなみに、ハワイの友人に「鯨の刺身はまずくはないよ」といったら、「鯨殺しだ!」といわれた。

Anyways…

PlosOneにおもしろい論文がでた。鯨は二酸化炭素の固定に大きく貢献しているんだそうです。メイン大学のPershingらが発表した論文によると、鯨のバイオマスを捕鯨前のレベルまで戻せば、年間役3,600万トンの炭素を固定できるんだそうです。110,000ヘクタールの森林と同じ規模ですね。

ま、この面からみたら捕鯨をやめてもいいんではないのかな?燃料・労力もかかるし、世間はやかましいし。

台風9号

台風9号が東よりに向かっているので、調査がほぼキャンセルに。とりあえず、今日は出港しない。

男女群島へ

日曜日から4泊、男女群島(31° 59′ 20″ N, 128° 21′ 7″ E)へいきます。今回は長崎大学の鶴洋丸に初めて乗船します。センターのK先生のおかげで、滅多にいけない島へ。男女群島は2006年までは航路標識事務所があったが、いまは無人島。K先生らは海鳥の調査。僕は藻類調査。



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MSワードの変更履歴とコメント挿入に気をつけろ!

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この間、16ヶ月をかけてとある論文が受理された。時間がかかりすぎ!

やはり、研究の結果をまとめて公開する義務があると感じているので、どうにかいい成果は公開したい。ということで、、適切な科学雑誌に投稿して、記載してもらいます。ところが、記載するためには厳しい審査を受けないといけない。場合によって、受理されないこともある。

論文を記載するプロセスとして、雑誌のエディターに自分の論文のよさを訴える。それをクリアーしたら、エディターは論文を数人の匿名の査読者に読んでもらい、コメントを受ける。そのコメントにより、エディターは論文を受理するかどうかをきめる。たまに、一発で受理されますが大半、論文がかえされてコメントを参考に論文を習性したり議論する必要がある。

ここでMSワードの使い方が分からないと匿名のはずが、査読者の名前がばれることがある。

ワードは自動的に個人情報を原稿と一緒に保存します。コメントをいれたり、変更履歴を使ったりすると個人情報が埋め込まれます。やはり、匿名を守るためには、その情報を削除しないといけない。

方法は(2007版):
1)「ファイル」タブを選択。
2)「共有準備」の「問題のチェック」を選択

3)「ドキュメント審査」を選択


4)審査を続行


5)ここで、「ドキュメントプロパティーと個人情報」だけ削除しましょう。注意!「コメント、変更履歴…」なども削除したら、ドキュメント内のコメント・変更などがすべて削除されます。



ちなみに、この間受理された論文の査読者からのコメントはワードファイルだったため、「Reviewer's name was revealed」でした。読んでほしいひとが査読してくれたことは幸せだ。

新クロロフィル

クロロフィル。a,b,c,dの4種類が、光合成の中心物。

8月19日の「Science」にあらたなクロロフィル物質を記載された。University of SydneyのChenらはクロロフィル-fという物質を発見。どの植物にもあるクロロフィル-aと-bとちがって、このクロロフィルは710nm(赤外線)の波長の光がつかえる。

一般的には、光合成に必要な光エネルギーは高いものではないといけないという考えだった(波長の短いもの)。これで、教科書を修正しないといけないね。

研究助成金の授与式

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以前報告したように、僕はやっと外部資金の獲得に成功した。これは、鹿大T田先生をはじめ、センターのKべ先生やI松先生のおかげです。ありがとうございます。

それで、ESPEC社が授与式を開催してくれましたので、昨日から大阪にいます。大阪はあつい!しかも、道はよく分からない!しかも、コンクリートジャングルのため、スマートフォンのGPS位置が10m以上ずれている。ま、ぐるぐるまわったけっか、本社にたどりつきました。

ESPECの本社は大阪北区天満橋にあり、環境試験器を製造・開発をしている、国際的な会社です。フロントにプラントセラーといわれる植物を培養する機会があって、おもわず「これって高いですが?」とききました。

このような授与式に出席するのは初めてで、ちょっとだけ緊張しました。授与者(16人)は大学院生から教授レベルの研究者。どっちかというと、若手がおおかった。とくに目立ったのは大学院生(後期課程)の学生5人もいた。工学、科学、生態学などさまざまな分野のひとがいた。PPTなどを利用して、授与者は5分以内に軽いプレゼンをしました。やはり、みなおもしろいことを考えていますね。

きょうからは再びのぞみにのって、長崎へ。大都会はにがてだ。