今日の論文

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今日の論文は海草と流体環境の総合作用とそれにかかわるアンモニウムの吸収速度

Morris, Peralta, Brun, van Duren, Bouma, & Perez-Llorens. 2008. Interaction between hydrodynamics and seagrass canopy structure: Spatially explicity effects on ammonium uptake rates. Limnology and Oceanography 53: 1531-1539.

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RStudioとggplot()：プロットができないとき

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いま、RStudioを統計学の講義で使っています。ggplot2, plyr, とreshape2のパッケージも紹介して、多くの学生は上手に使えています。ところが、日本語入りの図をつくって、knitするとよく膨大な警告がでてきます。 それを解消するため、このコードをRmdファイルの一番目のコードブロックにいれてからknitさせています。 options(device = function(file, width = 7, height = 7, ...) {  cairo_pdf(tempfile(), width = width, height = height, ...)}) ところが、このコードを使うと、時々RStudioのプロットパネルに図が出てこないことがあります。dev.off()など使えば解消できることもあったが、しつこいケースもありました。 いろいろ調べたところ、このコードを通常に使っているときに実行し、プロットなどをしようとすると、問題が出てくることがわかった。 dev.list()をすると、RStudioGD やpng のデバイスが表示されない場合、RStudioGD()を実行すればもとおりになります！ ということで (コピーペ用)、 dev.list() # を実行します。ここで、RStudioGDの表示がなければ、つぎのコードを実行してください。 RStudioGD() #　これでもとどおりになるとおもいます。
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大村湾調査！！　～海藻・生き物編～

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引き続きM2の松尾です！ さっきのブログで紹介しきれなかった大村湾の海藻ちゃんと生き物たちを紹介させていただきます！ ちなみに同定は大雑把なのであしからず…（笑） まずは大村からです！ めっちゃ成長してるウミトラノオ。 ウミトラって大きくなると分枝してきて虎の尾っぽくなくなるんですよね。 もうわっさわっさしてました。 私の可愛い実験対象種のヨレモク。 頑張って結構成長してました。 まだまだ大きくなります。絶賛成長期！！ 藻場の隙間に沈んでたアカクラゲ。 動いてなかったのでおそらく死んだ子が流されてきたんだと思います。 このアカクラゲすごく大きくて！直径30cm程はありました。 生きていたらと思うと恐ろしい…。 アカクラゲは刺されると痛いですよ！今年もそろそろ来るんですかねえ…。 アカクラゲの横にアオウミウシ。 小さくてきれいで可愛んですがこのウミウシ、他のウミウシを食べるらしいです。 ウミウシは謎が多すぎて不思議ちゃんです。 一度捕食してるところをまじまじと観察してみたい。 カミクラゲだと思います← 大村で初めてみました。 毒はそこまで強くはないそうです。 でもなんとなくあまり触りたくはない感じですね（笑） お久しぶりなムラサキウニ！ 大村で見るのは久しぶりでした。ガンガゼはたまにいるんですけどね。 やっぱりガンガゼはかわいくないですけど、ムラサキウニはなんとなく可愛げがありますね。 棘があまり攻撃的じゃないところとか、人に棘を向けてこないとことか…。 大村はこんな感じでした！いつも行くとこなのでついつい写真も少なくなってしまいます。 記録写真の大切さ！！！（まああまりに多いと整理も大変ですが） 続いて四本堂です！ 美味しいヒジキ。 四本堂はヒジキすごく生えてます。 大村にはいなかったのですごく新鮮な感じです。 なんだかちょっとまるまるしい感じがキュートですね！ ミツデソゾがいっぱい！ 大村のミツデソゾはくすんだ色をしてたので、こんな鮮やかな色の子は初めて見たかもです！ 岩の上とかにわさわさ生えてるのが小さな森みたいになってて可愛い。 波に揺れてる様は
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