Nishihara Laboratory

今年も研究室紹介を河邊先生と石松先生と合同でやっています。3年生に自分の研究の面白さをアピールするばです。 特に気合いがはいっているにはこのかたです。

平成20年2月にテニュアトラック(TT)助教として長崎大学に着任してから、ほぼ4年がたちます。この4年間いろいろの人にお世話になったおかげで、来年度も残れるようになった。皆さん有難うございます！ この TTプログラム は平成18年に9機関から始まり、から最終的に42機関まで広がった。研究費などが保証され、さらに講義の負担も軽減され本当に恵まれた環境でのびのびと研究ができた。おかげさまで、充実・自立した研究室ができた。 昨日の午後からは長崎大学医学部良順会館ボードインホールで長崎大学の若手研究者の自立的研究環境整備促進プログラムの最終TTシンポが開催された。まずは片峰学長や文部科学省の坂倉さんの挨拶があり、基調講演はプログラム主管である熊谷さんだった。中山理事が長崎大学のTTの事業報告もしてくれました。 片峰学長 文部科学省科学技術・学術政策局基盤政策課長の坂倉さん 独立行政法人科学技術振興機構科学技術システム改革事業プログラムオフィサーの熊谷さん 中山理事 最後には、いくつかのTTの先生の研究発表などもあった。もっとも早く自立して、独立したセンターまで立てた濱田准教授（国の事業仕分けで有名になった低コスト高パフォーマンスのスパコンの開発者）がキーノートとして、発表し、その後は医学（伊藤、新、荻）、水産・環境（梅澤）や化学（鎌田）についての発表があった。発表者全員の写真をとったつもりだったが、出来が悪かったので…濱田さんだけ紹介します。すみません！ 濱田准教授 シンポジウムが終了したあと、懇談会がひらかれ今年最後のTT行事(TT最後?)の集まり。江上さん、Richardさんと濱田さんは写真とったとき、いなかったのが残念だ。 左から右：鎌田、Greg、正田、村松、増山、小野寺、伊藤、大山、梅澤、新、荻、南

11月末、2年に一回、東シナ海周辺の大学があつまり、研究発表したり、学生に国際交流のばを提供している。このあいだは、学生らのポスターの要すを紹介しましたが、ここではシンポの一日前の写真を紹介します。 那覇の国際通りにいってきました。河端さんがあれはミーバイだ！など発言して、店主が「魚博士だな」といって、後日でも食べにきてと言っていました。 センター長は満足したようです。

統計処理環境「Ｒ」のコードを紹介するためのブログを立ち上げました。 リンクはこちら： http://nagaremo-rnotes.blogspot.com/2011/12/blog-post.html でくるだけ、週に一回ぐらいのペースで更新したいとおもいます。 今回は作図の紹介です。

かわべさんは講演者の懇親会へ。 僕は、近くの アイリッシュパブで久しぶりのギネスを。

震災シンポがぶじに終了した。さまざまな分野の人の発表はいい参考になった。今後も活用できる情報も得た。また、現場の復興の状況もなんとなくわかった。やっぱり、復興の地域差はおおきい。非常にすすんでいるところとまだ手もつけてないようなところも。 開始前の会場 かわべ准教授の講演は濃厚だった。結構うけはよかったとおもう。大学の宣伝もできて、「さすがだな」とおもった。 魚類の行動の話、バイテレの話、どうすれば復興につながるか、など多様な話を一つのトークにまとめた。 講演  最後にはパネルディスカッション。復興はどうすすめればいいのか、インフラはどうすればいいのかなどのテーマを中心に、モデレータがすすめた。会場からの質問や意見もあって、活気のあるディスカッションになった。  そういっても、一番印象にのこったのはある講演者の発言です。長期の研究はできない。論文を中心とした評価体制は、若い研究者の研究を制限している。僕もそうおもう。研究いまの時代を反映して、インスタント社会になっている。 ゆっきるいいデータをとって、時間をかけていい論文は書きたい。

今日から東京にきています。 東日本大震災についてのシンポジウム に参加するためです。 シンポは明日、センターのかわべ准教授がトークをします。

パソコン。ないと仕事ができない。フィールド調査につかうものを4年前買っていました。4年も頑張ってくれた。とても丈夫で、落としたこともある。海水や水もかぶったこともある。それでも、壊れなかった。 ところが、壊れるはずのないパソコンが漏電して、機動できなくなった。 先月、解析パソコンのハードディスクがだめになって、大変だった。 今回はフィールドパソコン（波野ソニックのタフブック）がダウン。漏電して、立ち上がらない状態。今年のパソコン運はひどいな。卒論生のデータが入っているので必死にハードディスクを探し、パソコンを破壊した。とにかく、ハードディスクはどこだ！って言うことです。保険は降りるかもしらないとあとできいたが、もうこんなに破壊したので検証はできないでしょう。データを抽出するのが先だね。 とりあえず、 ハードディスクは認識されたので、こんな感じでデータを下ろしています。

初日の５大学シンポ（The 8th International Workshop on the Oceanography and Fisheries Science of he East China Sea）がおわった。今年は１２０人程度の参加者のかげで、非常に活発なシンポジウムになった。キーノートもよかったし、ポスターもひじょうによかった。口頭発よりいい内容だったとおもうぐらいよかった。 自分も午後のセッションで発表したが、あいかわらずオチにない発表でおわった。イントロはよかったよといわらてけどね。やっぱりオチがないので。 今回、自分の研究室の木村くんはポスター発表した。ちゃんと質疑に答えていたそうです。よく頑張った。センターから唯一の４年生の発表者ですが、修士なみに頑張ったとおもいます。 学生の発表風景です。

ハードディスク修復方法。Xubuntu 11.10の環境で行いました。説明は英語ですが、使ったコマンドは「lshw」, 「ddrescue」, 「dd」, 「mount」, 「resize2fs」, と「e2fsck」です。手順は一番下にあります。修復作業は1日でできますが、久しぶりにやっとので二日以上かかった！ I was using Xubuntu 11.10 when I was trying this. To get a list of the devices on th PC run fdisk,  sudo fdisk -l . If you are lucky then it will detect the disk. In my case, the OS didn't detect it. So I tried sudo lshw -C disk -short and cat /proc/partitions to get the name of the device. Then, I used ddrescue (package name is gddrescue ) to image the file. I did this by first running ddrescue --no-split /dev/sdd1 / media/gamma/image /media/gamma/image.logfile , then by trying ddrescue -r 3 /dev/sdd1 /media/gamma/image /media/gamma/image.logfile to try to squeeze every bit of data out of the drive. Next, I used dd to make another image as backup, so I can try to repair the original. I do this by dd if=/media/gamma/image of=/media/gamma/image_backup . This took a while. Next I tried to mount the image to re...

あ～。昨夜、ハードディスクが死んでしまった。PCはまったくブートしなくなったので、今朝からふっき作業。8時間かけた、gddrescueをつかったが、まったくだめ。データの通信に問題がありそうだ。 ところが、SEAGATEのサイトにいくと、ファームウェアのアップデートがあった。それをダウンロードし、問題のHDをアップでートしてみた。そしたら！！なんと！！！OSがHDを認識してくれた。さらに、gddrescueがレスキュー！ 一晩中、からりそうだけどデータの回復ができそうだ。 よかった！

10月末、久しぶりに調査へいってきました。とてもいい天気で、快適でした。ウミトラノオが伸び始めた。

明日は水産科学フェア。毎年やっている、大切なイベント。ということはもう一年たったんだ。今年も水路をだして生物も展示する。そして、この日のために英文のポスターを和文に訳した。一般の方が参加するので、やっぱり日本語じゃなきゃ。去年は１０００人程度がおとすれたので、ことしも１０００ぐらいはきてほしいな。 チラシはセンターにHPへ。

一昨日、Ubuntu 11.04を11.10にアップデートしたら、いつものようにEpsonのLP-S5000に印刷できなくなった。今回は、AvasysのLinux用ドライバーには問題ないと分かった。それでも、印刷ができない。でもPPDファイルさいあればどうにかなるとわかった。 A few days ago I upgraded Ubuntu from Natty to Oneiric, and as usual I lost printing capability. This time, it was not the fault of the Linux LP-S5000 driver. However, as long as you have the PPD file, you should be able to print if your LP-S5000 is set up right. All you need to do is take advantage of the printer's hardware. 設定方法(英語ですみません。)は： 1) Print the EPSON Network Status Sheet using the printer menu of the LP-S5000 2) Look for the "Host Name" on sheet 1, you will need this. 3) Go to the Printer menu of Ubuntu and add a New Printer. 4) In "Devices", select "Windows Printer via SAMBA" (This means you need to have samba installed). 5) Click the "Browse" button and look for the printer's "Host Name". 6) In the SMB browser, expand the "Host Name" and select the printer. ...

ちょとまえ、左膝にみずがたまっていて、歩くのがやや苦痛だったから、近くの整骨院にいって処理をしてもらった。去年もまったく同じ時期に同じ処理（水抜き）をしてもらった。今回はMRI検査までした。そして、先ほど結果を教えてもらった。 A few weeks ago, I went to the local clinic to fix up my left knee, since it was a bit of a bother to walk around on it.This water-on-the-knee symptom occurred right-around this time, and I received the exact same treatment, which was aspirating the knee. However, this time I also went for an MRI. I just got my results. 左膝の 半月板 が破れているんだってさ。やれやれ。 Later meniscus tear of the left knee. Good grief. 内視鏡で手術をすることになった。2週間も入院しないといけないそうだ。年内にはしたいが、あまりにもいそがしくて、年明けになるかな。1月末? Looks like I'll need to 'scope the knee and fix it. Two weeks of hospital time. I was hoping to get the surgery done by the end of the year, but I am just too busy. So it looks like after New Years, maybe at the end of January. 手術後の激しい活動は一月ぐらいは止めましょう、といわれた。これはフィールド調査に影響でるな。 After the surgery, the doc says to lay off of the any intense physical activity for at least a month. Looks like its going to...

快晴だったので、三重地区のまわりをサイクリング。膝の調子はまだ１００％ではないが、１時間ぐらいはしりまわっても痛くは感じなかったので、いいかな。魚市場を見下ろす展望台についてら、埋め立て前の海岸線をはっきり描いた地図を見つけた。結構な沿岸域が消えたんだね。 It was just too nice of day to not go cycling. My knee isn't 100%, but after 1 hour of riding around, it doesn't hurt, so I guess that's good. At the top of hill is lookout that gives a good view of the surroundings. Especially of the fish-market and the fishing port. But what was more interesting was the map I found there. It gives a really nice idea of the natural coastline before they filled it in. And boy did they did a lot of filling.

後期がようやくはじまったところで、 世界大学ランキング が発表された(べつに関係はないけねど)。ランキングは「The Times Higher Education」(Thomson Reuters)というサイトにあります。 The fall semester has begun and they just published a list ranking the top 400 Universities of the world (The Higher Education). ことしのは＃１「California Institute of Technology」. 日本人によくしられている、「Harvard」、「Stanford」、「Oxford」、「Princeton」、「Cambridge」と「MIT」は２〜７番。#8は「Imperial College London」、#9は「University of Chicago」そして#10は「UC Berkeley」。７つはアメリカの大学３つはイギリス。日本の大学の一番高いランクは東大（#30）。同じアジアでは、つぎにUniversity of Hong Kong（#34）だ。残念だが、長崎大学は世界トップ４００には入っていなかった。 Hit the link to take a look at the rankings. There are 7 US and 3 UK universities in the top 10. The first Asian university is Tokyo University, aka Todai, at 30, dropping 4 places from last year. University of Hong Kong is next at 34. Nagasaki University is nowhere to be seen. There appears to be 5 criteria for the rankings. ５つの評価基準があるそうだ。 １）引用論文数 (citations) ２）収入 (income) ３）国際性 (international outlook) ４）教育 (education) ５）研究 (resea...

久しぶりにいい動画をみつけた。タイトルの「Red Tide」を直訳すると「赤潮」。これはVimeoという動画サイトからみつけた。 It's been a while since I saw a cool clip. If you translate the title of the clip, directly, it would be "Akashiwo." I found at the Vimeo site. たぶん、蛍光している生物は Noctiluca scintillans （ ヤコウチュウ ）という渦鞭毛藻のなかまではないかと思う。 It's probably a species of dinoflagellate called Noctiluca scintillant, but I'm not 100% sure. Enjoy. Red Tide Surfing San Diego 2011 Bioluminescence from Loghan Call on Vimeo .

火曜日にから水産学会の対応で仕事がストップ。もちろん、他の教員も同じ状況だ。All work has stopped  since Tuesday, because of the Fisheries conference. Of course the same can be said of the rest of the faculty. 僕は水曜日から毎日受付にいて、H先生やYだ先生、Kむら先生の補助をした。英語での対応のつもりだが、以外と学生は対応できてた。(実際の受付の作業は学...

二日目のゼミの終了後、交流施設の下にある待ちの現地調査を行った。K村くんのおすすめで、阿蘇神社へ。まったく前もって調べていなかったが、阿蘇神社では流鏑馬をしていた。 After the second day's seminar was complete, we went to survey the surrounding town below the facility where we stayed. Mr. K recommended Aso Shrine, and we we lucked-out, since they were had a Yabusame ceremony underway. 昼食はどこの店に言ったのか忘れたが、タカナ飯とダゴ汁はおいしかった。 We had lunch at some restaurant, whose name I forgot, and had some takana-rice and dago soup. ところどころにいど（？）もあった。 There were springs here and there.  やっと、天然の水草もみつけた。 And I finally encountered some freshwater plants, that were not in an aquarium.

2日目の朝からは０６：００起床、07：00までに掃除。そして朝の集いとたいそう。たっぷりの朝食をとったあと、午前のゼミを開始。ドクターのN塚くんが4章を紹介し、Kべ研のIばさんとWなべくんが5章の紹介をした。  On the second day of our special seminar in Aso, we woke up at 6 am, "cleaned house" by 7 am, and went through the morning meeting and calisthenics. After a big breakfast, we got going with the second half. Mr. N presented Chapter 4, Ms. I and Mr. W presented Chapter 5. これは個人的な意見ではないと思うが、ほとんどの学生は一生懸命テキストを読み、できるだけ理解し、とても素晴らしい発表をしたとおもう。Kむらくんも以外とセンスのいいスライドをつくってくれたので、うれしいです。  I don't think this is just my personal opinion, but I think the students did a really good job at reading and understanding the English text, as well as presenting the chapters they were assigned. I'm just happy that Mr. K made slides with artistic sense.! 今年始めて行った合同ゼミナールは毎年できたらいいですね。 I'm sure that we will be doing this every year from know on. Just a view of our room. A view of the surroundings.

昨日は活動たっぷりの一日だった。 Yesterday was a rather eventful day. 相変わらず、熊本市から阿蘇までの道は混んでいた。 The trip from Kumamoto City to Mt. Aso was congested as usual. ついたら、まずは施設の説明と注意事項をうける。ここは結構厳しいとわかった。そのご、研修室に移動して早速ゼミを開始。内容はようそう以上のおおかったので、3章しかできなかった。 Once we arrived, we immediately received a detailed briefing about the facility and regulations. Pretty strict place. Right after the briefing, we started the seminar. With all the lost time, we could only go through 3 chapters that day. 写真は夕べの集いの様子。4年の男子が担当してくれた。 The photo was taken during the evening ceremony, and two of our 4th year students took part.

今日から阿蘇へ。Kべ研とKばた研と合同ゼミをするためにいっている。クレブズのエコロジーのテキストの輪読をする。 Today, we are if to Mt. Aso in Kumamoto for a seminar. The students will take turns explaining one chapter from Krebs Ecology text. 予定していたフェリーに乗れなかったので、ちょっと後れている。まだ熊本市。 We missed the ferry that we were planning to take, so we are a bit behind schedule. Still in Kumamoto City. 本当にいい...

昨日、一日中調査と野外実験をした。本当は天草にいくつもりが、4年生の強い要望で大村にした。朝の０８：００出発して、センターに戻ってきたのは２０：００。いままで、一番きつい調査だったが、とてもいい結果になったのでよかった。藻場の生存調査評価に必要なデータはとれて、現場で一時生産を測定するための試験もできた。 Yesterday, we were doing fieldwork for the entire day. I really wanted to go to Amakusa, but at the urging of my students, we went to Omura Bay instead. Left at 8am and returned at 8pm. I think it was the toughest fieldtrip of the season, and it ended rather well. We got data for both the seaweed bed survey and got to test a system to measure net photosynthesis in the field.