R: t-検定

前日、間違いをしてきされたので、ちょっと修正しました。

11月いらい、他の仕事でいそがしく、Rのゼミをネグレクトしていました。また再会したいのですが、どうでしょうか？

とにかく、t-検定のことについて、質問がきたので、ここでt-検定のやり方を紹介します。

まず、データを。


A=rnorm(100,mean=1,sd=1)
B=rnorm(100,mean=2,sd=1)
dataset=data.frame(c(rep("A",100),rep("B",100)),append(A,B))
names(dataset)=c("group","data")
head(dataset)


これで、データがあります。

簡単の統計を計算してみてください。平均や標準偏差・誤差など。

aggregate(dataset$data,dataset$group,mean)
aggregate(dataset$data,dataset$group,sd)
aggregate(dataset$data,list(dataset$group),mean)
aggregate(dataset$data,list(dataset$group),mean)


では、t-検定。
まずt-検定はt.test()というコマンドをつかいます。

t.test(data~group,data=dataset,alternative = "two.sided", paired=TRUE, var.equal=TRUE)

# Output
Paired t-test

data: data by group
t = -9.4714, df = 99, p-value = 1.557e-15
alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 plot(data~group,data=dataset,xlab="Groups", ylab="Data value")
95 percent confidence interval:
-1.599453 -1.045371
sample estimates:
mean of the differences
-1.322412


alternative には３つのオプションがあります。
"two.sided"
"less"
"greater"

pairedとvar.equalはもちろん２種類
TRUE
FALSE

たとえば、AとBのsdが違う場合

A=rnorm(100,mean=1,sd=0.3)
B=rnorm(100,mean=2,sd=1)
t.test(data~group,data=dataset,alternative = "two.sided", paired=TRUE, var.equal=FALSE)


ちなみに、AとBのboxplotはこのように：

boxplot(data~group,data=dataset,xlab="Groups", ylab="Data value",col="orangered",main="Boxplot of A and B",pch=21,bg="orangered",las=1)