Back in Kagoshima

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Back in Kagoshima to retrieve the instruments we deployed last week. But I also brought the rain from Nagasaki. Hopefully the rain will remain a drizzle during retrival.

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RStudioとggplot()：プロットができないとき

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いま、RStudioを統計学の講義で使っています。ggplot2, plyr, とreshape2のパッケージも紹介して、多くの学生は上手に使えています。ところが、日本語入りの図をつくって、knitするとよく膨大な警告がでてきます。 それを解消するため、このコードをRmdファイルの一番目のコードブロックにいれてからknitさせています。 options(device = function(file, width = 7, height = 7, ...) {  cairo_pdf(tempfile(), width = width, height = height, ...)}) ところが、このコードを使うと、時々RStudioのプロットパネルに図が出てこないことがあります。dev.off()など使えば解消できることもあったが、しつこいケースもありました。 いろいろ調べたところ、このコードを通常に使っているときに実行し、プロットなどをしようとすると、問題が出てくることがわかった。 dev.list()をすると、RStudioGD やpng のデバイスが表示されない場合、RStudioGD()を実行すればもとおりになります！ ということで (コピーペ用)、 dev.list() # を実行します。ここで、RStudioGDの表示がなければ、つぎのコードを実行してください。 RStudioGD() #　これでもとどおりになるとおもいます。
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光合成関連の単語

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昨日の講義で紹介した英語です。 ATP（adenoshin triphosphate） アデノシン三リン酸 ADP（adenosine diphosphate） アデノシン二リン酸 NADP（nicotinamide adenine dinucleotide phosphate） ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸 NADP＋ 酸化型NADP NADPH 還元型NADP chloroplast 葉緑体 chromoplast 有色体 leucoplast 白色体 amyloplast 澱粉体 thylakoid チラコイド frequency 振動数 wavelength 波長 quantum 光量子 photosystem I 光化学系I photosystem II 光化学系II photochemical reaction 光化学反応 cytochrome b6/f シトクロムb６／f複合体 plastiquinone プラストキノン ferredoxin フェレドキシン ferredoxin NADP reductase フェレドキシンNADPレダクターゼ reaction center 反応中心 antenna pigments アンテナ色素 pheophytin フェオフィチン quinone キノン tyrosine チロシン iron-sulfur complex 鉄-硫黄複合体 ATP synthase ATP合成酵素 plastid 色素体 plastoglobule プラストブロビエール lipid globule 脂質小粒 plastidial DNA 色素体DNA Z-scheme Z機構 lumen ルーメン stroma ストロマ grana グラナ ribosome リボソーム lamella ラメラ fluorescence 蛍光 diatom 珪藻 dinoflagellate 渦鞭毛藻 green algae 緑藻 brown algae 褐藻 red algae 紅藻 chlorophyll クロロフィル carotenoid カロテノイド phycobiliprotein フィコビリンタンパク質 oxygen evolving complex 酸素発生複合体
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大村湾調査！！　～海藻・生き物編～

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引き続きM2の松尾です！ さっきのブログで紹介しきれなかった大村湾の海藻ちゃんと生き物たちを紹介させていただきます！ ちなみに同定は大雑把なのであしからず…（笑） まずは大村からです！ めっちゃ成長してるウミトラノオ。 ウミトラって大きくなると分枝してきて虎の尾っぽくなくなるんですよね。 もうわっさわっさしてました。 私の可愛い実験対象種のヨレモク。 頑張って結構成長してました。 まだまだ大きくなります。絶賛成長期！！ 藻場の隙間に沈んでたアカクラゲ。 動いてなかったのでおそらく死んだ子が流されてきたんだと思います。 このアカクラゲすごく大きくて！直径30cm程はありました。 生きていたらと思うと恐ろしい…。 アカクラゲは刺されると痛いですよ！今年もそろそろ来るんですかねえ…。 アカクラゲの横にアオウミウシ。 小さくてきれいで可愛んですがこのウミウシ、他のウミウシを食べるらしいです。 ウミウシは謎が多すぎて不思議ちゃんです。 一度捕食してるところをまじまじと観察してみたい。 カミクラゲだと思います← 大村で初めてみました。 毒はそこまで強くはないそうです。 でもなんとなくあまり触りたくはない感じですね（笑） お久しぶりなムラサキウニ！ 大村で見るのは久しぶりでした。ガンガゼはたまにいるんですけどね。 やっぱりガンガゼはかわいくないですけど、ムラサキウニはなんとなく可愛げがありますね。 棘があまり攻撃的じゃないところとか、人に棘を向けてこないとことか…。 大村はこんな感じでした！いつも行くとこなのでついつい写真も少なくなってしまいます。 記録写真の大切さ！！！（まああまりに多いと整理も大変ですが） 続いて四本堂です！ 美味しいヒジキ。 四本堂はヒジキすごく生えてます。 大村にはいなかったのですごく新鮮な感じです。 なんだかちょっとまるまるしい感じがキュートですね！ ミツデソゾがいっぱい！ 大村のミツデソゾはくすんだ色をしてたので、こんな鮮やかな色の子は初めて見たかもです！ 岩の上とかにわさわさ生えてるのが小さな森みたいになってて可愛い。 波に揺れてる様は...
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