Nishihara Laboratory

Wavletをつかって、流速とフラックスのここの分析ができます。また、FFTのようにcross-correlationもできます。Cross-correlationによると、データのパタンの相関がつよければ、相関係数もたかい。これを先ほど紹介した図であらわすとこちらです。まだ手法の勉強中なので、アドバイスなどがあれば助かります。 Fig. 1. Wavelet cross-correlation of z-velocity deviation and flux deviation.

9月末の引越しのため、住所変更等の書類に殺到。とくに、通帳や免許書等のコピーが必要で、いちいちコピーを作るのは面倒。スキャナーでパソコンに取り込んでおこうかなとおもったら、ボスが反対。「個人情報がもれたら」という意見。そのとうりですよね。 そこで、OpenSourceにたより、128bitの暗号をつかって、個人情報のあるPDFを暗号化すれば、安心。 では、その方法を紹介します。 使っているパッケージは pdftk です。pdftkは暗号化だけではなく、PDFの結合や分解などもできます。 # Install pdf tool kit pdftk. sudo apt-get install pdftk # Allow printing but protect with default (128-bit) cipher. pdftk input.pdf output output.pdf \ owner_pw desired_owner_password \ user_pw desired_user_password \ allow printing ちなみに、 暗号のハッキング も可能なので、長くて辞書になさそうなパスワードを使ってください。

先週末、Kべさん主催の 日本バイオロギング研究会 のシンポの手伝いで忙しかったが、とてもいい勉強になった。とくに、2日目の勉強会がよかったです。SもとさんのWaveletの話のおかげで、自らWaveletをつかえるようになった。おかげさまで、やっとRで分析が出きるようになった。 ここで、Rて作った二つの図を紹介します。まだ、すべてを理解していないが、見たかった時系列・周波数のパタンがみえた！どちらの図が似ているので、ちょっと安心。Fluxとvelocityはやはり相関関係はたかいからね。 次はWaveletのうえのcross-correlationをすることと、細かい調整だ。 図1. Change in the oxygen flux with respect to time and frequency. 図2. Vertical velocity with respect to time and frequency.

午前中、Ubuntu８.10に更新したあと、なぜかプリンターが動かない。 いろいろ調べてみると、AppArmorとfoomatic-filtersが問題児。 まずは、AppArmorのCUPSプロフィールを解除： sudo aa-complain cupsd そのつぎ、新しいfoomatic-filtersをインストール： wget http://www.openprinting.org/download/foomatic/foomatic-filters-3.0-current.tar.gz tar xfz foomatic-filters-3.0-current.tar.gz cd foomatic-filters-3.0* ./configure make sudo checkinstall -fstrans=no Checkinstallのプロンプトがでたら、まず、2: Nameを「foomatic-filters」にする。そのつぎ、3:Versionを「4.1」にする。じつは、Ubuntuのバージョンより高い番号をつかえばいいとおもいます。 これでわたしは上手くいきました。ちなみに、LP-S5000のLinuxドライバーはこちらから： Avasys Corp. Linuxはあいつらよりいいが、ときどきイライラするね。

American Geophysical Unionの会員です。そのため、 EOS というニューズレターが週に2回郵送されます。ニューズレターの内容は主に地理学や陸水海洋学、そして宇宙の科学に関係のある記事が記載されています。あまり、生物を研究している人にはおもしろくないかもしらないが、ニューズレターの4割はポスドックや常勤のポスト（テニュアトラック）の求人が記載されているので、読む価値はあるとおもいます。求人はおもにアメリカの研究機関からですが、ドイツやフランスからの求人もあります。また生物学や生態学に関する求人もあるので（たとえば、MBARIやWoods Hole）、おすすめします。 センターの雑誌ラックにおいています。

海藻の生理学的過程と水の流れの関係を調べることにより、栄養の供給のメカニズムや群落の分布・密度などを明らかに出きるんではないかと考えています。しかし、今の技術では流れをみるためには金や労力が必要なので、ひとりでやるなは大変です。そこで、最近パソコンにたよって、数値モデルをつくり、水はどうやって海藻のまわりをながれているのかをシミュレーションでしらべています。 はじめて、このようなことをしているので、勉強不足のところがあるとおもいますが、とりあえずシミュレーションをできるようになった。 この動画は二つのCPUをつかって、１６８時間もかかり、データファイルは２００GBほどとなった。 ちなみに、モデルはBlenderというソフトでつくりました。シミュレーションはGerrisで。モデルはトゲキリンサイという紅藻類です。藻体の表面から流れだしているのはトレーサです。墨かなんだかの色素が流れ出しているだと思ってください。赤い場所は濃度の高いところ。青は濃度が０に等しい。 ちょっとやり方をかえないといけないなと思っています。

きょう、K野先生の講義から９０分もらって、藻類と流れの話をして、自分の研究室を紹介した。９０分って長いですね。最初と最後の15分、学生をグループにわけて、流れについて問題をだしといてもらった。それいがい、できるだけわかりやすく流れと藻類の話をしたが、理解してもらったかどうかはわからない。みんなポーカーフェースですからね。 内容として、はシンプルだとおもったが、どうでしょう。数式はレイノルズ数の式いがい、ださなかった。数字自体も最小限に。動画いっぱい、画像いっぱい、図もいっぱいだして、丁寧に説明したつもりです。数人がねるほど、丁寧にしゃべった。 久しぶりにつかれました。 機会をくれたK野先生に感謝しています。

来年からはMR. ObamaはMr. Presidentとよばれるそうですね。今の時点であと40票しかないが、３３８対１５９でObamaの勝ちだね。 ちなみに、来年からSenateとHouseも民主党が半数以上獲得しているので、力のある政権ににりそうです。 期待していいのかな。